提取的质粒降解(dh5α 提取质粒)
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1、stbl3转化抽出的质粒容易降解吗?
一般可以忽略它的降解,我们必须知道DNA作为遗传物质,它是十分稳定的。在4度的话更加稳定,长时间放置一年半载的肯定没问题。放到-20度的话更好。
菌体悬浮不完全会导致裂解不完全,质粒的提取纯度和得率都会下降。通常需要在里面加入RNA酶(RNase A),RNA酶的作用很清楚,降解掉溶液中的RNA。通常选用Tris-HCl作为体系中pH稳定缓冲液。
还有可能是你的琼脂糖凝胶浓度太高了,浓度越高,分子筛效应越大,质粒又比较大,当然容易拖尾了。其次也可能是你的电泳电压过大;还有就是RNA污染,你提完质粒后没有用RNase降解,不过这就不叫拖尾了,称作有杂带。
放在-20的质粒一个星期,如果抽提比较好肯定不会降解,不知道你的模糊条带是酶切之前还是酶切之后,如果酶切之后的,可能是加的酶过多或酶切时间过长引起,切乱了。
2、质粒降解的速度
快。因为酶切后,原来环形的DNA被切成两条线性的,线性的要比环形跑的速度快,环状质粒是指双链环状的质粒,DNA有部分解链,因此电泳速度最慢。
超过三天会开始降解,一周后明显降解。质粒在4度可放置数个月,-20保存数年。菌液一般放在-80度能保存1年。提出来的质粒最好以沉淀的形式保存,用的时候再溶解、抽提,沉淀、再使用。
常见的离心机转速为4000-12000 r/min,其中4000 r/min可以用于比较柔和的离心操作,不会破坏DNA分子。因此,使用4000 r/min的离心可以有效地分离质粒DNA,保证其纯度和完整性。
一般可以忽略它的降解,我们必须知道DNA作为遗传物质,它是十分稳定的。在4度的话更加稳定,长时间放置一年半载的肯定没问题。放到-20度的话更好。
质粒冻融几次会降解。对于大多数标准的质粒,经过10次的冻融循环后,质粒的稳定性会受到显著影响。冻融处理会使质粒的分子结构发生破坏,导致质粒降解或失去稳定性。
3、碱裂解法提取质粒后质粒被降解可能原因有哪些?
而闭环质粒DNA配对虽被破坏,采用乙醇沉淀法得到的DNA除含有质粒DNA外。
DNA在pH5~9的溶液中是稳定的,但当pH12或pH3时,就会引起DNA双链之间氢键的解离而变性。溶液Ⅱ中NaOH浓度为0.2mob/L,加入溶液Ⅱ后,该系统的pH为10~16,因而促使染色体DNA与质粒的变性解离成单链。
现在实验室大多用的是提取试剂盒,如果自制溶液碱性过强会有可能出现拖尾现象,蛋白沉降步骤不完全也会有可能导致基因组DNA降解出现拖尾现象。类似于溶液方面的问题一般比较容易排除,而且比较容易改正。
菌群体积,碱裂解液的pH值等。菌群体积:菌量越多,则质粒的提取量就越多。碱裂解液的pH值:碱性过强会影响DNA的纯度,而过弱则会影响碱裂解效果。pH值在12左右,效果较好。
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